在慢乙肝强调抗病毒治疗中变异和耐药会突然出现，但是根据药物的不同，程度也会不同。一些5年出现变异耐药的几率为70%， 而别的药物可能少于5%。所以对于药物的选择会取决于药物本身引起的变异率和耐药率。 要尽可能避免变异的出现因为药物对于改变以后的病毒不具有抗性。所以一定要坚持使用抗病毒药物很长很长时间。

慢性乙肝的治疗目标是将病毒复制减少到尽可能低的水平（最好是检测不出来）。最终目标是延缓肝病进展，以及延迟或阻止并发症的发生。一旦发生耐药，临床后果就会非常差。耐药通常引起临床益处的丧失，包括：e抗原转换比率的降低，病毒学和组织学改善的倒退，疾病进展比率的提高，肝硬化及其并发症的恶化。

乙肝治疗的路线图概念现在变得热门了。虽然其主要是涉及替比夫定的使用,我认为路线图概念对所有抗乙肝病毒的核苷类药物都是适用的。在将来的几个月，新的数据会发表，以表明其他的乙肝治疗核苷类药物也可以应用于路线图模型。总的来说，如果你能把握这样的原则：快速清除乙肝病毒，那么，耐药就会很少发生甚至不发生。

慢性乙型肝炎的抗病毒药物选择是非常实际的临床问题，目前越来越偏向于使用具有最强抗病毒作用而且在使用几年后出现病毒耐药变异机率最低的药物。因为我们知道核苷类似物治疗慢乙肝是一个长时间的治疗方案，因此低病毒变异率是非常重要的。因此，我认为选择药物时必须选择能够高效、快速、强烈抑制病毒复制药物。